佛教于隋代传入同安，唐大中年间（842－857年）传入厦门岛。道教于唐中叶在同安首建道观，明初在厦门岛内建城隍庙，在传播过程中显示出道教俗神化与民间杂神崇拜混杂的特点。天主教于明崇祯年间进入厦门。基督教于清道光二十二年（1842年）传入厦门。清代中叶，随着迁入厦门岛的穆斯林人口的增长，伊斯兰教也传入厦门。
厦门解放后，人民政府实行宗教信仰自由的政策，组织教徒开展政治时事学习，协助恢复宗教组织，引导宗教界参加抗美援朝反帝爱国运动，在运动中不断提高教徒们的政治觉悟。天主教和基督教的爱国教徒首先提出与外国宗教势力割断关系，分别建立“三自爱国会”，走上独立自主、自传、自养的新生道路。在运动中，还协助政府清除个别披着宗教外衣敌视中国的外国传教士和极少数隐藏在宗教界内部进行破坏活动的反革命分子，纯洁了宗教队伍。同时政府还拨出专款维修一些佛教寺院和伊斯兰教清真寺，并对生活困难的穆斯林教徒进行补助。土地改革中，又拨出足够的耕地，作为寺僧自耕自食的生产基地。在中国共产党和人民政府的统一领导下，厦门各宗教之间拆除门户藩篱，在“爱国爱教”的共同基础上，实现各宗教的大团结。
“文化大革命”中，厦门各宗教都受到冲击和破坏，寺院、教堂被毁废或占用。僧伽、执教人员被驱逐或遣散，宗教活动被迫停止。
中共十一届三中全会后，宗教政策得到全面贯彻，政府首先为“文化大革命”中受打击、迫害的宗教界人士“平反”。政府宗教主管部门积极领导各教恢复组织，开展正常的宗教活动。“文化大革命”中被占用的寺院和教堂的产业也在政府帮助下由原使用单位收回。至1993年，全市落实宗教政策归还宗教界的房产数量占被占用的宗教房产的80％。同时政府还拨款资助各教会重修寺院、教堂。佛教所有的主要寺院在政府的支持和海外的捐助下，得到全面的维修、扩建。政府还协助各教解决经济困难，大力支持各宗教团体开办自养实业，其中有天主教的“爱华旅社”、伊斯兰教的“伊斯兰教社”、佛教的“实业社”等。闽南佛学院也在政府关怀下复办，并增设女生部，规模比原来增加一倍以上，成为全国师生人数最多的佛教院校，办学质量也不断提高。厦门宗教界还发扬宗教“慈善济世”的优良传统，创立南普陀寺慈善基金会，兴办各种社会公益慈善事业，为社会奉献爱心。厦门市各宗教团体本着“爱国爱教”的精神，在厦门的两个文明建设中发挥独特的作用。
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